機械帝國三部曲分為火星時代、機械大帝和創世神話三部分。分別描述了火星時代人類星級文明的誕生、遭遇機械大帝的挑戰以及現代文明火種在遠古時代的再生、延續等等。
“北漂族”、軟件工程師劉元,年近而立偶遇一位名叫白卉的美麗女孩子,並很快確立了戀愛關係。但奇怪的是,不久白卉就神秘失蹤了。為了打聽白卉的下落,他千裏迢迢來到了白卉的家鄉——遙遠的新疆。卻在那裏邂逅了另一位名叫迪裏拜的神秘女子。在迪裏拜,也就是他來自未來的妻子——李芷的幫助下,返京後他建立起了以人工智能、星際探索、生物工程為主業的跨國高科技帝國——賽因斯公司,在南太平洋購買了一座島嶼——賽因斯島作為公司總部所在地,通過星際貿易獲得了滾滾利潤。
就在賽因斯公司崛起之際,劉元無意中得窺白卉身後的陰謀:白卉是一名來自於未來世界的時空間諜,前往監視同樣來自未來的前機械帝國皇帝王舜。王舜通過腦移植消滅了生物機器人白卉後,以提供排異反應藥物要挾何傑按照機械大帝的指令去接近劉元,並設法獲取賽因斯公司的控製權。
各種挑戰和疑團接踵而至,身為普通人的劉元又該何去何從。