1912年3月,孫中山讓位袁世凱,王金發也被免去紹興都督職。袁世凱請他去北京,出任“上將銜總統府顧問”,被王拒絕,寧願留在上海當“寓公”。他在上海法租界買了一座外國人的公館,改名為“逸園”,蔣介石成了這裏的常客,可能就在這時二人結拜為盟兄弟。一次,革命黨人在逸園開會,由姚勇忱之弟姚定忱在門外望風,蔣介石姍姍來遲,姚定忱故意嚇他,說裏麵正在抓賭,蔣介石一聽,拔腿就跑,一副狼狽相,一時間,在逸園中傳為笑話。
8月,袁世凱邀請孫中山前往北京,陳其美深恐發生意外,命姚勇忱隨同北上,打聽消息。命王金發回紹興作好軍事準備,一旦有事,就在浙東馬上發難。後孫中山無事,陳其美曾派蔣介石去紹興通知王金發,暫停發動。
1913年3月20日,袁世凱派人在上海車站槍殺了宋教仁,此事震驚了全國,革命黨人無不義憤填膺,王金發更是忍無可忍,立即和胡士俊、陳誌庚、張伯岐等人一齊出動,很快在五馬路六野旅店中抓住了凶手武士英,並查出其指使者是共進會會長應桂馨,又在應桂馨處查出大批信函、文件,證明此案實為袁世凱指使,通過國務總理趙秉鈞、國務秘書洪述祖與應桂馨聯係。這樣,就使宋案真相大白於天下。
宋案發生後,孫中山立刻回到上海,研究對策。有人主張武裝討袁,有人主張法律解決。王金發讚成武裝討袁,和謝飛麟一起組織了浙江討袁軍,發布了討袁通電,王金發擔任浙江駐滬討袁軍總司令。二次革命失敗後,王金發也遭到通緝,他就在租界內隱匿起來,蔣介石則去了日本。
對王金發被通緝的境況,王母極為不安,她通過一位伍××與陸軍部聯係,請求免於通緝。當時段祺瑞任陸軍總長,1915年1月11日陸軍部發來批示:“據稟已悉,爾子王逸既未附合亂黨,已準免緝,囑其安分讀書,養才待用可也。”但要王金發“赴京謝釋”。王金發聽從了謝飛麟的韜晦之計,決定與姚勇忱一起赴京,想在段祺瑞陸軍部的庇護下,另作他圖。入京後,請客送禮,花費了數萬大洋,終於拜見了段祺瑞,段對他來京十分高興,表示:希望今後多多聯係。不料此事被袁世凱得知,立即下令捉王,並指責段祺瑞“謀私利而不顧國家大局”。段為了開脫自己,再不露麵。最後,陸軍部向王金發提出:要他“限期拿獲韓恢、詹大悲、蔣介石、夏之麒、夏爾嶼、陸惠生、姚勇忱等人以自贖”。王金發大哭一場,立即返回了上海。
王金發入京“謝釋”是一大失誤,造成的後果是嚴重的。第一,對革命黨人來說,二次革命失敗後,他是第一個“入京免緝”的人,政治上的影響是很壞的。第二,對王金發本人來說,從此背上了“投誠”的黑鍋。被不明真相的黨人視為異己,“或直接寄書痛斥,或間接投函恐嚇”。他雖百般解釋,然後果已成,悔之晚矣。他本想求得片刻的安寧,卻招來更大的苦惱。此後,王金發生活更加反常,“終日以醇酒婦人自遣,與在滬黨人亦很少見麵”。
在此期間,蔣介石曾奉孫中山之命,回上海組織武裝討袁,因事機不密遭到追捕,蔣介石被迫躲到張靜江的一處秘密住所避難。一天,蔣介石外出歸來,被特務跟蹤,特務立即回去叫人。恰好張靜江不在家,蔣閑坐無聊,便去別的友人處小坐,回來時,發現張家已被軍警包圍,他機警地走脫,逃回了奉化老家。此事本與王金發無關,他卻認為是王金發告的密,出賣了他,並把此事寫入毛思誠所編《民國十五年以前的蔣介石先生》一書之中,有些蔣的傳記中也堅持此說。其實,王金發極重江湖義氣,誰也沒有出賣,姚勇忱就一直和他住在一起。再說,蔣介石當時隻是一個小角色,王金發真的要賣友求榮,第一個也輪不到他。
王金發在上海報國無門,革命無路,求諒不許,顯誌無能,唯有苦悶、懊喪、憤慨、悔恨。終日伏於一室,學習書法和雕刻,留有“誌士多苦心”、“無可奈何”等閑章,可以看出他當時的心跡。後好友俞丹屏勸他去杭州,並謂“赴杭決無意外”。王金發也認為浙江都督朱瑞同他一起參加過光複浙江的戰鬥,而且他在戰場上還救過朱瑞的命,於是在1916年5月3日回到了杭州。
王金發到杭州後,朱瑞表麵上以禮相待,暗中卻向總統府統率辦事處密報:“王金發挾妓來杭,意圖叵測。”當時殺害秋瑾的元凶章介眉在統率辦事處任秘書,王金發曾抓他遊街示眾,見到朱瑞的密報後,立即批複“查看”二字。不久,朱瑞宣稱截獲一封上海黨人給王金發的密信,內容是說起義計劃,並詢問王金發到杭州後對浙江的布置。朱瑞又向統率辦事處作了彙報,章介眉萬分高興,竟矯袁世凱之命,密電朱瑞:“相機除之”。朱瑞假裝請王金發和姚勇忱吃飯,在宴席上拿出袁世凱的電報,並假作慈悲地說:“總統電令,小弟實在無能為力了!”當即將王、姚二人逮捕入獄。
關於上海黨人給王金發的密信,有幾種說法:有人說是陳其美寫的;有人說是上海幫會中人平日與王有嫌隙者所為;有人說根本沒有這封信,是朱瑞假造的;也有人說信是蔣介石寫的,因為蔣在上海時,曾多次向王金發借錢,王不厭其煩,有時就叫管事陳誌庚與他應付,因而引起蔣介石的不滿,故加以陷害。
6月2日,王金發在獄中被害,終年33歲。6月15日,北洋政府發布了第1115號《政府公報》,宣布了王金發所謂的“罪狀”。王金發死後,杭州各界在西湖邊的昭慶寺召開了隆重的追悼大會,並將其安葬在西湖濱的臥龍橋畔。蔡元培為墓題詞:“生死付常,湖山無恙,智勇俱困,天地不仁。”褚輔成撰寫了墓誌銘:“君竟如是以死,死而不死,責在後死。”對王金發的死,孫中山也深為痛惜,曾感歎說:“天地不仁,殲我良士”。柳亞子專門寫了一首“獻詩”如下:
功罪何當付蓋棺,
紛紜謠諑總無端;
秦人倘識苻生枉,
蜀老能為葛相寬。
敗寇成王誰定論,
恩牛怨李此旁觀;
荒墳鬼哭鵂鶹叫,
一卷叢殘帶淚看。
為了紀念王金發,謝飛麟寫了一本《王季高君行述》,陳去病寫了一本《莽男兒》。1985年,在浙江嵊縣專門召開了《王金發學術討論會暨殉難七十周年紀念會》,來緬懷這位辛亥革命時期的英烈。