1937年抗日戰爭爆發後,閻錫山喪師失地,到1938年下半年,晉東南、晉東北、晉西北基本上是中國共產黨和八路軍建立的抗日根據地,隻有晉西南的十幾個縣是他的活動區域。第二戰區和山西省政府的十幾萬兵馬,要吃飯,要打仗,晉西南的十幾個縣如何負擔得起。除了能夠在當地征收一些糧食外,糧食、薪餉、服裝、武器裝備等,閻錫山必須仰給於蔣介石和國民黨,因此他擁護蔣介石領導抗戰,便進一步向國民黨和國民政府靠攏。蔣介石和國民黨在抗日戰爭已經爆發的危急存亡關頭,深怕閻錫山步汪精衛後塵,單獨行動,也迫切希望自己的勢力能夠進入山西。
在這種情況下,國民黨中央向閻錫山提出恢複停止活動七年之久的國民黨山西省黨部的要求。閻錫山處境艱危,必須依靠蔣介石的施舍才能過日子,所以不得不予以同意。1939年春,國民黨山西省黨部在第二戰區長官部所在地陝西省宜川縣秋林鎮掛出牌子,恢複活動。1939年9月,國民黨中央進一步任命閻錫山為第二戰區特別黨部特派員,趙戴文為書記長。閻於3日宣誓就職,國民黨中央常委張繼、軍委政治部秘書長賀衷寒等率西北慰問團到秋林監誓並進行拉攏。閻致答辭時說:“二戰區的地位,在華北以及整個抗戰上來說,非常重要。我們知道,山西是全國的堡壘,華北的要塞,西北的屏障,要支持抗戰,自然要爭取山西。”這話說明了國民黨拉他的原因,也說明自己地位的重要,以提高討價還價砝碼的重量。同時,他又講了國民黨采取總裁製的重要性,“要在總裁(蔣)領導下奮鬥到底”,對蔣進行了頌揚和安慰。
閻錫山對於蔣介石和國民黨始終是有所戒備的,一怕蔣的勢力滲入自己的領地,二怕蔣的人員竊取情報、拉攏人員、挑撥離間,挖他的牆腳。所以他在允許國民黨山西省黨部恢複的同時,就開始防範它。首先在人員配備上,11名執行委員中,閻的親信有省政府主席趙戴文以及梁化之、李江、薄毓相、邱仰浚五人,國民黨派來的有武誓彭、劉冠儒、趙光庭、劉奠基、王昉、李猶龍六人,趙戴文任主任委員,雙方可說是勢均力敵。以後人員雖有變動,但大體維持著這個格局。其次,國民黨在軍政機關和各縣建立組織,發展黨員,都是經過閻錫山允許的。沒有閻錫山的允許,第二戰區和山西省政府的軍政幹部是沒人敢參加國民黨的。閻允許是因為既讓恢複,就應該作出支持其活動的姿態,再者他的軍政幹部都要在軍政部和銓敘部備案,作為升遷調用的根據,而要備案,必須是國民黨員。這樣也滿足了幹部的要求。但是,國民黨區分部等基層組織的活動卻是受限製的,有的形同虛設。特別是1939年“十二月事變”以後,閻錫山命令他的所有幹部和中學以上學生都必須參加他的同誌會,會長閻錫山成為崇拜的偶像,同誌會的活動壓倒了一切,國民黨在山西就愈加相形見絀了。
抗日戰爭勝利後,國民黨山西省黨部的地位和活動並沒有根本的改變。就以國民黨操縱的“國大代表”的分配和選舉來說,山西仍然是由同誌會占主要地位。在114名“國大代表”中,青年黨4人,民社黨3人,三青團8人,其餘的99人中,都應為國民黨員,而省黨部推薦的隻有6人,另外的93人大部分既是國民黨員又是同誌會員,也就是說他們都是擁護閻錫山的。當然,其中有些人如徐永昌、薛篤弼、賈景德、李鴻文、傅作義等,當時都已不是閻的部下,但過去是閻的部下和老朋友,可以說是既擁閻又擁蔣的。因而,國民黨山西省黨部是在閻錫山的操縱和掌握之中。至於國民黨的中統、軍統等特務組織,以及三青團的活動,無不受到閻錫山的限製和打擊。
1948年7月,晉中戰役以閻軍的失敗結束後,人民解放軍兵臨太原城下,國民黨山西省黨部主任委員張子揚,以及部分執行委員先後逃往北平、南京等地,無人收拾這個爛攤子。閻錫山叫嚷“要與太原共存亡”,隻好自己披掛上陣。國民黨中常會第166次會議通過由閻錫山兼任國民黨山西省黨部主任委員,11月29日宣誓就任。閻把自己的親信梁化之、薄毓相、李江、關民權、智力展等安排為委員,與國民黨的七名委員分庭抗禮。國民黨山西省黨部就在這種互相撕咬中,被人民的鐵掌徹底粉碎。
太原解放後,閻錫山成了光杆司令,隻有完全依附於國民黨才能生存了。他在蔣介石與李宗仁的矛盾中,根據自己“中的哲學”適中則存的道理,居中調停,得以在夾縫中,於1949年6月3日出任行政院院長。之後,他曾出任國民黨中央非常委員會委員。1950年3月蔣介石恢複總統職位後,國民黨中常會批準了識機識相的閻錫山的辭職申請,給閻一個中央評議委員的榮譽頭銜。從此,他在國民黨中的地位就無足輕重了。