統一台灣並設立知府

康熙一直認為：“主權領土是涉及國家大利害的問題，在這個問題上，必須寸土必爭，不容有絲毫讓步。”因此，康熙在是否留守台灣的問題上，他目光長遠，堅決抵製了放棄的意見，在台灣設立府縣，建立長期駐軍製度。這對於台灣的發展、祖國的統一、領土的完整都產生了深遠的影響。

康熙二十年，也就是1681年，鄭經病死，鄭氏集團再次發生內亂。馮錫範、劉國軒發動政變，殺死了鄭克臧，擁立年僅十二歲的鄭克塽