趙高聽說李斯有不滿言論,就去見李斯說:“關東地區盜賊紛紛起來鬧事,現在皇上卻加緊征發勞役去修建阿房宮,搜集狗馬之類無用的玩物。我想諫止,但因為地位卑賤而不敢說。這實際是您的責任,您為什麼不勸諫呢?”李斯說:“是呀,我早就想說話了。但是現在皇上不臨朝聽事,又是住在深宮之中,我有話要說,不便傳達進去,想要進沒有機會呀。”趙高說:“您真想進諫,請讓我趁皇上有空的時候通知您。”於是趙高等到二世正在歡宴取樂,宮中美女環繞侍候的時候,派人告訴丞相:。皇上正有空,可以進來奏事。”丞相便到宮門求見,如此一連三次。二世發怒說:“我常有空閑的日子,丞相不來。每逢我私宴尋歡,丞相就來奏事。丞相是看不起我,還是有意使我難堪呢?”趙高就趁機說:“這可太危險了!沙丘的密謀,丞相參與了。現在陛下已立為皇帝,而丞相的地位卻沒有提高。他的意思是想也割地稱王了。陛下不問我,我還不敢說。丞相的長子李由當三川郡守,楚盜陳勝都是丞相鄰縣的人,因此他們敢於公開橫行,經過三川的時候,李由隻據城防守不肯出擊。我聽說他們互有文書來往,因為還未證實,所以不敢告訴陛下。況且丞相在外麵,權力比陛下還大。”二世認為他的話是對的。想要懲辦丞相,又怕事情不確切,於是派人去調查三川郡守與盜賊勾結的情況。李斯知道了這件事。
這時二世住在甘泉宮,正在看摔跤和雜戲的表演。李斯無法見到二世,便上了一封奏書揭發趙高的短處,說道:“我聽說,巨子和君主平起平坐,沒有不危害國家的;小妾和丈夫平起平坐,沒有不危害家庭的。現在有的大臣專擅著皇上的賞罰大權,他的權力跟陛下一樣,這是很不妥當的。從前司城子罕做宋國的丞相,親自執行刑罰,用威勢行事,一年之後就劫持了國君。田常當齊簡公的巨子,爵位在全國是最高的,私家的富足與公家相等。他施思行惠,下得百姓的擁戴,上得群臣的信仰,暗中竊取了齊國的政權,在廳堂裏殺死了宰予,又在朝廷上殺害了簡公,就這樣篡取了齊國。這是天下周知的事情。如今趙高有奸邪的心腸,有狡詐叛逆的行為,恰如子罕當宋國的丞相一樣;而他私家的富有,也正象田氏在齊國一樣。他兼有田常、子罕的叛逆行為而竊取陛下的威信,他的野心就象韓玘當韓安的宰相一樣。陛下不籌算提防。我怕他是會作亂的。”二世說。“這是什麼話?趙高本來是個宦官,但他不因為處境安逸而放肆為所欲為,也不因為處境危難而改變忠心,他廉潔向善,所以得到今天的地位。他因為忠心而得到提拔,講信義而保持祿位,我確實認為他賢良,您卻要懷疑他,這是為什麼?而且我如此年輕即死了父親,沒有管理國家的知識。也不知道怎樣治理百姓,而您的年紀又大了,我恐怕要和天下人隔絕了。我不依靠趙高,該用誰呢?而且趙高為人精明廉潔,強而有力,對下能了解民間實情,對上能適合我的心意,您請不要懷疑了、”李斯說。“不對。趙高本來是個卑賤的人,不懂得道理,貪心不能滿足。求利不止,地位權勢僅次於主上,欲望永遠不會滿足,所以我說危險。”二世早已相信趙高,恐怕李斯殺掉他,就暗中把這些話告訴了趙高。趙高說;“丞相所擔心的隻有我,我一死,丞相就可以幹日常所幹的事了。”於是二世說:“就把李斯交給郎中令您查辦!”
趙高查辦李斯。李斯被拘捕,套上了刑具,關在監獄裏,仰麵對天歎道:“唉,可悲呀!無道的昏君,怎麼能為他謀劃呢!從前夏桀殺死關龍逢,商紂殺死王子比幹,吳王夫差殺死伍子晉。這三個臣子難道不忠麼?然而免不了一死,他們雖然為盡忠而死,隻可惜忠非其人哪。我的智慧比不上他們三人,而二世的昏暴卻超過夏桀、商紂、夫差,我因為盡忠而死,是應當的。況且二世的治國還不是胡搞嗎?以前殺死兄弟而自己為皇帝,進而殺害忠臣,尊寵賤人,修蓋阿房宮,向天下橫征暴斂。我不是不勸諫,隻是他不聽我的話呀!凡是古來聖明的帝王,飲食有一定節製,車輛器用有一定的數量,宮室有一定的限度,頒布命令和舉辦事情,隻要是增加費用而不利於民的,一律禁止,所以能夠長治久安。現在二世在兄弟之間使用殘暴的手段,不考慮後果;枉殺忠臣,不顧忌後患;大修宮殿,向天下榨取重稅,不愛惜錢財。這三件事實行以來,天下人不服,如今反叛的人已占據了天下的一半,而他心裏還沒醒悟,用趙高為輔佐,我一定會看到盜賊打進鹹陽,朝廷變成廢墟,麋鹿嬉遊於廢墟之上了。”
當時二世就派趙高去審理丞相的案件,定罪名,詰問李斯和兒子李由謀反的情況,把他們的家族和賓客都逮捕起來。趙高審問李斯,答打他一千多板子,李斯受不了痛苦,隻好冤屈地承認自己有罪。李斯之所以不自殺,是自以為能言善辯一對國家有功勞,實無反叛之心,希望二世覺悟過來而赦免他。他就從監獄中上奏書說。“我當丞相治理百姓,已經三十多年了。我曾趕上當初秦國土地狹小的時代,先王的時候,秦國土地不這千裏,士兵幾十萬。我竭盡微薄的才能,謹慎地奉行法令,暗中派遣謀臣、給他們金玉珍寶。讓他們遊說諸侯。又暗中整頓武裝,整頓政治、教化、任甩勇敢善鬥的戰士,尊重功臣,提高他們的爵位俸祿,所以終於憑著這些措施脅迫韓國,削弱魏國,擊破燕國、趙國,削平齊國、楚國,最終吞並六國,俘虜他們的君主,擁立秦玉作了天子。這是我的第一條罪狀。並吞六國以後,土地不再是狹小的了。還要在北方驅逐胡人。貉人,在南方平定百越,以顯示秦朝的強大。這是我的第二條罪狀。尊重大臣。提高他們的爵位,以鞏固他們同皇室的親密關係。這是我的第三條罪狀。建立社稷,修建宗廟,以顯示主上的賢明_這是我的第四條罪狀。改革書寫符號,統一度量衡和文字,頒布天下,以樹立秦朝的威名。這是我的第五條罪狀。修築馳道,建議巡遊全國,以顯示主上的得意。這是我的第六條罪狀。減輕刑罰,減少賦稅,以滿足主上贏得民心的願望,使百姓都擁戴主上,至死不忘主上的恩德。這是我的第七條罪狀。像我這樣作臣子的,所犯的罪足以處死本來很久了。幸而皇上希望我盡其所能。才能活到今天。希望陛下明察!”奏書呈上去,趙高讓獄吏丟棄它不上報二世。說道:“囚犯怎麼能上書!”
趙高命他的門客十多人偽裝成禦吏、謁者。侍中)輪番挎問李斯。李斯更改口供,以自己的實情回答,(門客)就讓人再持打他。後來二世派人去調查驗證李斯的口供,李斯以為跟以前一樣、終究不敢再改口供;在供詞上承認了罪狀。判決書呈報上去;二世高興地說。“要是沒有趙君,我幾乎被丞相
出賣了。”當二世派去調查三川郡守的人到達三川時,項梁已經攻破三川並殺死了李由。使者回來,正當李斯已被交給獄吏看管無法對證。趙高就胡亂編造了李由謀反的罪狀。
二世二年(公元前208年)七月,李斯被判五刑,在鹹陽市腰斬。李斯被押出獄的時候,與他的次子一同被押解著。他回頭對他的次子說:“我想跟你再牽了黃狗一同出上蔡東門去打獵追逐狡兔,還辦得到嗎!”於是父子相對而哭,三族的人都被處死。